ъ( ﾟｰ^)

ASPXが

<asp:Content ContentPlaceHolderID="ContentPlaceHolder1" runat="server">
</asp:Content>

ならCS側は

ContentPlaceHolder content = (ContentPlaceHolder)Master.FindControl("ContentPlaceHolder1");
content.Controls.Add(new TextBox() { ID = "test", Text = "aaa" });

追記：
別にContentPlaceHolder1.Controls.Add()でよかったんじゃないの。